試驗前消毒：
應使用0.2%含氯消毒劑或75%酒精進行桌面、臺面及地面消毒一次。轉運至實驗室的標本轉運桶應在生物安全柜內開啟。轉運桶開啟后，使用0.2%含氯消毒劑或75%酒精對轉運桶內壁和標本采集密封袋進行噴灑消毒。取出標本采集管后應首先檢查標本管外壁是否有破損、管口是否泄露或有管壁殘留物。確認無滲漏后，推薦用0.2%含氯消毒劑噴灑、擦拭消毒樣品管外表面（此處不建議使用75%酒精，以免破壞樣品標識）。如發現滲漏應立即用吸水紙覆蓋，并噴灑有效氯含量為0.55%的含氯消毒劑進行消毒處理，不得對標本繼續檢測操作，做好標本不合格記錄后需立即進行密封打包，壓力蒸汽滅菌處理后銷毀。
實驗中消毒：
有明顯污染物體表面時，如標本或培養物外溢、灑落于臺面或物體表面等，應立即用紙巾覆蓋，從外向內傾倒適量0.5%的含氯消毒劑，作用30min，再清理，置于醫療廢物袋。具體措施可參照《臨床實驗室生物危險物質溢灑處理指南》。
試驗后消毒：
1、實驗室空氣：無人狀態下，可選擇懸掛紫外線燈管照射消毒，試驗前照射30-60分鐘，實驗結束照射30-60分鐘，必要時延長照射時間。
2、工作區域的物體表面(含桌、椅)、地面：每天實驗后，使用0.2%含氯消毒劑或75%酒精進行臺面消毒一次，若使用含氯消毒劑，30min后可使用無菌水再次進行擦拭，0.2%含氯消毒劑地面拖拭一次。
3、生物安全柜消毒：在操作結束后，停用生物安全柜前，運行5min以凈化內部空氣，后使用適宜的消毒劑（如75％乙醇）擦拭生物安全柜的臺面和內壁（不包括送風濾器的擴散板）一次。隨后關閉生物安全柜，紫外燈消毒30分鐘。
4、塑料或有機玻璃材質物品消毒：使用0.2%含氯消毒劑或過氧乙酸或過氧化氫擦拭或噴灑消毒，廢棄標本和實驗污物應分類進行消毒滅菌處理。
5、工作服消毒：防護服應每天更換，若有明顯病原體污物污染，應隨時更換，及時進行消毒滅菌。拖鞋每天用0.1%含氯消毒劑浸泡；所有清潔消毒器材（抹布、拖布、容器）各室專用，用后0.1%含氯消毒劑消毒，洗凈晾干。
終末消毒：
當出現實驗室污染時，應按要求立即撤出相關人員，在無人情況下可使用化學消毒劑進行終末消毒，如熏蒸法：1%的過氧乙酸1g/m3，在60%-80%相對濕度，加熱熏蒸，密閉24小時；氣溶膠噴霧：采用3%過氧化氫、0.5%過氧乙酸、500mg/L二氧化氯等消毒液，按照20-30mL/m3的用量，作用1h，其中過氧化氫濃度較低、時間較短，可大大降低腐蝕或老化醫療設備的風險。另外，市場上也有消毒機器人、空間消毒器這類的高科技產品可用于PCR實驗室的消毒，雖較為便捷，但價格不菲。
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